基本的には、MovableTypeのマニュアル自体にさくらインターネットにおけるインストール方法が掲載されていたので、それに基づいてやればよい。
ただし、僕の場合サイト全体をMovableTypeで構築するために、トップディレクトリをメインのブログディレクトリにしていたので、以下の手順を追加する必要があった。
というか、このアプリケーションディレクトリとブログディレクトリの切り分け自体は、通常の手順では記載されているものだ。
cgi-bin/mtを作成、パーミッションを777にする。
wwwのパーミッションを777にする。
mt-config.cgiのCGIPath、StaticWebPathとDATABASE SETTINGS、MAILを変更。
そして、/cgi-bin/mt/mt.cgiにブラウザでアクセスすればインストールは完了。